Ha pasado un año desde que Sally se convirtió en reina de la ciudad de Halloween junto a Jack Skelleton. Aunque está rodeada de seres queridos, se siente desbordada por sus responsabilidades y tiene muchas dudas sobre el futuro. Durante una exposición, una pócima sale mal y, junto a su aprendiz Luna, Sally cae por un portal que las lleva a la ciudad del Tiempo. Allí descubren que alguien ha manipulado el reloj que controla la ciudad de Halloween. Para regresar a casa, deberán restaurar el tiempo y descubrir al culpable, mientras Sally se enfrenta a decisiones que podrían cambiar su destino para siempre.